Ad Agrate vi sono state diverse chiese: due erano dedicate a San Martino, se non si deve incolpare d’errore Goffredo di Bussero, che lasciò scritto: “Grate, ecclesia S.Martini; iterum Grate Ecclesia Sancti Martini” Una di queste forse era nel villaggio, l’altra era campestre e di patronato del monastero di San Dionigi di Milano: fu lasciata cadere in rovina nel 1570, come risulta dagli atti di una visita dell’Ordinario di Milano.

Lo stesso Goffredo da Bussero menziona inoltre una chiesa dedicata a S.Eusebio, che oggi è la parrocchiale, e un’altra dedicata al martire S.Donnino.

Altrettanto antiche la chiesa di S.Pietro e la chiesa di S.Maria. Con Bolla pontificia, il 22 marzo 1493 ebbe origine l’istituzione della Parrocchia d’Agrate.

Dopo più di 500 anni la parrocchia di Sant’Eusebio in Agrate si è fusa con la parrocchia di San Zenone in Omate e la parrocchia di Santa Giuliana in Caponago per dare vita nel 2008 alla Comunità pastorale “Casa di Betania”.