Nel 1800 al nome Cavenago venne aggiunto il termine Brianza per distinguerlo dal comune di Cavenago d’Adda, che si trova in provincia di Lodi.

In epoca romana il comune di Caponago allora chiamato Caponiacum e successivamente Capunaco era una frazione (vicus) appartenente al comune (pagus) di Cavenago Brianza.

Le prime notizie storiche risalgono all’873, quando l’arcivescovo di Milano, Ansperto degli Albuzzi da Biassono, vi acquistò dei fondi agricoli e l’imperatore Carlo il Calvo nello stesso anno gli attribuì altri beni in Cavanacum.

Tre anni dopo l’arcivescovo lasciò alcuni fondi all’ospedale e all’annesso monastero della chiesa di San Satiro a Milano. Alla loro chiusura tutto passò al monastero di sant’Ambrogio.

Nel XX secolo, l’economia di Cavenago era legata alle ditte di tessitura della seta. La più importante era la ditta Schmid che venne fondata prima degli anni venti da Christian Schmid, un giovane proveniente dal Canton Grigioni. Essa aveva due stabilimenti, uno a Cavenago ed un altro a Cassolnovo in provincia di Pavia ma aveva sede a Milano. Le sete più celebri prodotte a Cavenago sono le stoffe usate per ricoprire i palchi e le pareti del teatro alla Scala di Milano dopo i bombardamenti subìti durante la seconda guerra mondiale ed il prezioso Manto della Regina, donato ad Elena del Montenegro che, prima di una visita al sanatorio di Ornago, transitò in paese.

Cavenago è passato in provincia di Monza e della Brianza nel giugno del 2009 perciò nell’autunno 2010 il CAP è cambiato da 20040 a 20873. Prima faceva parte della provincia di Milano (con la quale confina).